甲状腺激素对胎儿和婴幼儿，有促进骨骼发育的作用。这个时期如果甲状腺激素不足，就会影响骨骼的发育，使骨骼生长发育不全，牙齿发育延迟，身材矮小，发生呆小病。
成人期，甲状腺激素可维持神经和肌肉及骨关节的正常功能。可兴奋破骨细胞和成骨细胞，使骨骼更新率加快。甲状腺激素过多（甲亢）时，可引起钙、磷代谢紊乱，骨质脱钙，尿钙、磷排泄增加。可导致骨质疏松和骨折的风险增加。甲亢时还会引起肌肉病变，发生肌萎缩、肌无力，肌痉挛等，患者会发生肌肉震颤、肌无力，或周期性麻痹。易被误诊为中风、神经根炎，或重症肌无力等神经或肌肉病。甲减时，由于代谢减慢，黏液性水肿，水、盐及黏蛋白积聚在肌肉关节腔，可导致关节滑膜炎、关节腔积液、关节疼痛、晨僵现象、关节运动障碍等，又易于被误诊为类风湿性关节炎及退行性关节炎，而常到骨科去看病。

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