人体含碘总量为20～50毫克。甲状腺浓集碘的能力最强，含碘量最多。其他脏器如唾液腺、乳腺、生殖腺、胃黏膜等也可浓集碘。人体碘的来源如下：80%～90%来自食物，10%～20%来自饮水，5%来自空气。消化道、皮肤、黏膜、呼吸道均能吸收碘。碘在消化道以碘离子形式被吸收，胃肠道过多的钙、氟、镁会阻碍碘的吸收。
碘元素以无机碘的形式，随动植物食物的消化吸收进入人体，成为制造甲状腺激素的主要原料。碘元素在甲状腺中被制造成甲状腺激素，以有机碘的形式在体内发挥其生理作用后，有机碘经过代谢，又转变成无机碘排泄到大肠，一部分随大便排出体外；一部分又被再吸收重新利用，返回甲状腺成为制造甲状腺素的原料，再参与下一轮的代谢循环（即肝肠循环）。人体每日排泄的碘元素大约有50微克。如果要保持人体对碘元素的基本需要，需要每日至少50微克的碘元素从食物中补充，否则就会发生碘缺乏。由于碘主要由尿（85%）排出，尿碘可以反映碘的摄入量，所以测定尿碘就可以了解碘的摄入量。
进入血液的碘，大多为甲状腺所浓集，甲状腺是碘代谢的主要场所，也是合成甲状腺激素的唯一腺体。甲状腺对碘有摄取、浓集，合成、储备和分泌的功能。甲状腺内的有机碘库很大，8～10毫克，足够机体用3～4个月。多余的碘将从体内被排出。其中85%以尿的形式通过肾脏排出，10%通过粪便被排出，其余5%通过汗液和毛发排出。但哺乳期妇女的乳腺能浓集碘，可以满足婴幼儿对碘的需要。哺乳期妇女的乳汁排碘量很多，每日可通过乳腺排出25微克碘给婴幼儿。
人体每日碘的需要量为60～100微克。碘的吸收受许多因素影响，考虑到储存和烹调的损失，每日饮食中实际需要的碘供给量为：成人150微克/日，孕妇175微克/日。
碘在体内还有个甲状腺激素的肝肠循环。即碘在甲状腺被加工成甲状腺激素后，约有1/3的甲状腺激素在肝脏与葡萄糖醛酸或硫酸盐结合，随胆汁排入小肠，其中1/3～2/3又被再吸收入血。未被再吸收的甲状腺素，则由粪便排出体外。还有一部分葡萄糖醛酸甲状腺素由尿中排出体外。这个肝肠循环，实际上也起到了节约碘用量的作用。对低碘地区的人群意义很大。

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