对桥本病的治疗，目前尚无统一特效的方法。当桥本病确诊后，一般视甲状腺肿大及有无症状而定。通常用内科方法治疗。少数需要手术者必须严格掌握适应证和手术方法。部分桥本病患者最终会导致永久性甲减，需要终身用甲状腺激素替代治疗。只有11.4%可以自然缓解。但是，甲状腺激素替代治疗疗效是显著的，可以使甲状腺功能状态恢复正常，使25%的甲状腺恢复正常大小，50%的甲状腺缩小一半，还有约20%的患者甲状腺无变化。
一般甲状腺肿大越明显，治疗效果也越显著。甲状腺肿大伴有TSH升高者效果显著；不伴有TSH升高者，则效果相对不显著。如果诊断时伴有甲状腺肿大和较高水平的TSH，还有甲状腺疾病家族史，这样的患者，甲减恢复的机会则增加。对这些患者在替代治疗1年后，进行停药试验，通过密切观察随诊，决定是否需要长期终生替代治疗，或者可以停药观察。不过不要仅凭某一次化验结果就决定是否停用替代治疗，即使停药后，仍要观察随访。
总之，桥本甲状腺炎根据病情需要，给予充分的甲状腺素治疗后，一般预后较好；少数患者有复发倾向，常需要终生治疗。如果有血清学证据（抗体阳性），而甲状腺功能正常时，应注意每年复查，及时发现是否有甲减发生，以便及时治疗。

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