继发性甲减又称为中枢性甲减。包括垂体性甲减和下丘脑性甲减。此类甲减较为少见，不足甲减患者的10%。由于甲状腺的上级领导下丘脑—垂体发生病变，如肿瘤、炎症、手术或外伤等，造成TSH（促甲状腺激素）及TRH（促甲状腺激素释放激素）分泌不足，间接导致甲状腺激素分泌的减少，统称为继发性甲减。
（1）垂体性甲减：垂体是直接调节甲状腺功能的高级中枢。脑垂体分泌的TSH，可刺激甲状腺合成和释放甲状腺激素，促使甲状腺滤泡增生、腺体肿大。脑垂体的肿瘤、炎症、出血或缺血等病变，可以造成垂体分泌TSH减少。导致甲状腺激素合成与分泌减少，而发生甲减。其特点是：有甲减的临床表现，T  ₃   （FT  ₃   ）↓、T  ₄   （FT  ₄   ）↓，TSH↓。
（2）丘脑性甲减：下丘脑是调节甲状腺功能的最高级中枢。其分泌的TRH，通过刺激TSH分泌，间接支配甲状腺激素的生成。丘脑部位的肿瘤、炎症、外伤、出血等，都可使其功能受损，下丘脑—垂体—甲状腺轴功能低下，而导致甲减发生。丘脑性甲减的特点是：有甲状腺功能减退症的症状、体征（可以观察和检查到的病态表现）和一般实验室改变，T  ₃   ↓、T  ₄   ↓，但TSH在正常范围的低水平上。下丘脑性甲减不同于甲状腺性甲减，也不同于垂体性甲减，TRH兴奋试验是重要的鉴别诊断方法。

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